PHP側からJavaScriptを制御するには、echoで<script>タグごとJavaScriptのコードを出力します。このようにすることで、JavaScriptの処理を動的に変更できます。
例えば次のようなJavaScriptのコードがあるものとします。
<script type="text/javascript"> alert( "TEST" ); </script>
このコードをPHP側から作成するには、次のようにします。
<?php echo '<script type="text/javascript">'; echo ' alert( "TEST" )'; echo '</script>'; ?>
変数も同様に、<script>タグの内容をechoで出力します。
例えばPHPの変数$aの内容を JavaScriptの変数aに代入するには、次のようにします。
<script type="text/javascript"> var a = <?php echo $a; ?>; </script>
逆にJavaScriptからPHPを呼び出すにはXMLHttpRequestを利用し、PHPのページをリクエスト先とします。